1.营养不良
断食越久，导致人体缺乏维生素和矿物质，而蛋白质、碳水化合物、脂肪的摄取比例也会失衡。美国营养师陶迪克斯(Bonnie Taub-Dix)说，多数人每日蔬果和膳食纤维的摄取量都不足。而隔日断食和一天一餐累积的饥饿感，很容易让人恢复进食时，无法顾及均衡饮食而乱吃。
2.肠胃问题
断食的人，容易在吃东西时吃太快，造成消化不良与胀气。营养师巴农(Patricia Bannan)引用国际肠胃消化疾病基金会(International Foundation for Gastrointestinal Disorders)的数据，每10个断食的人中就有1个有大肠激躁症。
3.饮食失调
断食强迫人忽略饥饿感，扰乱人体对于饥饿的自然反应，美国饮食失调协会(National Eating Disorder Association)指出，即便恢复正常饮食，大脑可能也无法正确分辨饥饿或饱足感，该吃时吃不下，不该吃时却想吃。
4.血糖不稳
许多奉行间歇性断食的人都声称，断食到后来胃痛感会趋缓、思路也更清晰，但陶迪克斯提醒，没有按时进食，首先影响血糖稳定度。血糖值低下时，会造成头昏脑胀、晕眩、和体力不济，人也容易暴怒和注意力涣散。
5.打乱荷尔蒙
波兰哥白尼大学在3月的研究指出，严格限制卡路里的间歇性断食法，会造成经期紊乱、男性睪固酮减少。
